輸卵管囊腫形成原因多樣。常見類型中，輸卵管系膜囊腫多因胚胎發育時殘留組織形成囊性結構，屬于先天性因素，通常生長緩慢且無癥狀。

炎癥刺激如盆腔炎、子宮內膜異位癥可能導致輸卵管傘端粘連閉鎖，管腔內液體無法排出而積聚形成囊腫。盆腔手術或外傷可能引發局部組織滲出液包裹，形成后天性囊腫。

少數情況下，子宮內膜異位癥病灶侵犯輸卵管，也可能誘發囊性病變。明確病因需結合病史和超聲檢查，不同類型囊腫的治療方案存在差異。